Nach jahrelangem Leerstadt der Kirche wird durch die bereits vollzogene Gründung der Stiftung "Die Kilianikirche" Stiftung für Kunst und Kultur neues Leben in den Kirchenbau einziehen.

Die Kirche wird künftig als multifunktionales kulturelles Zentrum mit den vielfältigsten Möglichkeiten an Gestaltung und Kreativität insbesondere für die Jugendarbeit in Mühlhausen durch die Theaterwerkstatt 3K genutzt. Die Theaterwerkstatt versteht sich als ein Theater zum Anfassen und als ein Zentrum für Kommunikation und Kultur. Die Arbeit ist nicht auf die klassische Theaterarbeit begrenzt, sondern es wird ein Theater mit einer nicht klar definierten Bühnenfläche betrieben.

Neben der Kirche wurde bereits die ehemalige Autowerkstatt zum Funktionsbau der Theater- werkstatt umgebaut. In diesem Gebäude sind Probe- und Büro- bereiche und eine Kulissenbau- werkstatt untergebracht.